Esta dica eu peguei diretamente daqui e realmente é bem útil quando você precisa migrar suas bases do sqlite2 para o sqlite3.
Um motivo de cara que pode ser enxergado é que dispositivos embarcados ( como Androids e Iphones ) usam o sqlite3 e o PHP, por padrão, usa o sqlite2.
Assim, é possível navegar com suas bases de um lado para outro.
sqlite2 /path/to/mysqlite2.db .dump > backupfile
sqlite3 /path/to/mynewsqlite3.db < backupfile
Mão na roda não ?