Nos sistemas baeados no Red Hat ( rhel/Fedora/CentOS ) usamos o rpm e o yum para instalar e atualizar os pacotes. Caso haja algum problema com a base de dados do rpm ( por algum motivo ela foi corrompida ), isto vai causar problemas na funcionalidade do rpm e do próprio yum.
Antes de executar os passos que aqui estão sendo mostrados, mate todos os processos que possam estar acessando sua base rpm ( o rpm e algum processo ligado ao yum e execute os seguintes passos.
Primeiro, faça o backup da sua antiga base de dados do rpm, que em geral está em /var/lib/rpm :
[ataliba@neo ~]$ ls -lah /var/lib/rpm
total 120M
drwxr-xr-x. 2 root root 4.0K Feb 13 12:04 .
drwxr-xr-x. 60 root root 4.0K Feb 13 09:23 ..
-rw-r--r--. 1 root root 11M Feb 13 09:23 Basenames
-rw-r--r--. 1 root root 12K Feb 11 22:23 Conflictname
-rw-r--r--. 1 root root 24K Feb 13 14:15 __db.001
-rw-r--r--. 1 root root 240K Feb 13 14:15 __db.002
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M Feb 13 14:15 __db.003
-rw-r--r--. 1 root root 536K Feb 13 14:15 __db.004
-rw-r--r--. 1 root root 4.1M Feb 13 09:23 Dirnames
-rw-r--r--. 1 root root 21M Feb 13 09:23 Filedigests
-rw-r--r--. 1 root root 44K Feb 13 09:23 Group
-rw-r--r--. 1 root root 40K Feb 13 09:23 Installtid
-rw-r--r--. 1 root root 160K Feb 13 09:23 Name
-rw-r--r--. 1 root root 48K Feb 13 09:11 Obsoletename
-rw-r--r--. 1 root root 87M Feb 13 09:23 Packages
-rw-r--r--. 1 root root 1.3M Feb 13 09:23 Providename
-rw-r--r--. 1 root root 348K Feb 13 09:23 Provideversion
-rw-r--r--. 1 root root 12K Nov 5 00:52 Pubkeys
-rw-r--r--. 1 root root 956K Feb 13 09:23 Requirename
-rw-r--r--. 1 root root 544K Feb 13 09:23 Requireversion
-rw-r--r--. 1 root root 0 Nov 4 22:43 .rpm.lock
-rw-r--r--. 1 root root 320K Feb 13 09:23 Sha1header
-rw-r--r--. 1 root root 160K Feb 13 09:23 Sigmd5
-rw-r--r--. 1 root root 12K Feb 10 21:14 Triggername
Agora, é fazer o backup do estado atual da sua base de dados rpm.
# cd /var/lib
# tar -cvzf rpm.tar.gz rpm
Agora é só efetuar os comandos abaixo para fazer a recuperação da sua base rpm.
# cd /var/lib/rpm
# rm -f __db*
# rpm --rebuilddb -vv
Efetuado isto, sua base já está recuperada ( para testar é só usar o yum, como por exemplo, o yum update ou até um comando como o rpm -qa gimp ).
Caso isto não tenha resolvido, veja diretamente no erro que o programa executado está mostrando ou nos logs de sistema ( /var/log/messages ).